《内蒙古民族大学学报》（哲社蒙古文版）荣获首届“全国优秀社科学报”奖、第二届“全国优秀社科学报”奖、“华北地区优秀期刊”奖、第二届“内蒙古期刊”奖、“全国民族地区学报（期刊）名刊”奖（2007年，2008年）、第二届“内蒙古高校精品学报”奖、首届内蒙古高校学报出版质量优秀奖等奖项。

《内蒙古民族大学学报》（哲社汉文版）荣获“全国社科学报质量进步”奖、首届《CAJ—CD规范》执行优秀期刊奖、“首届内蒙古高校精品学报”奖、第二届“内蒙古出版（期刊）”奖、全国民族地区“十佳学报”奖、“全国高校优秀社科期刊”奖等奖项。

《内蒙古民族大学学报》（自然科学蒙文版）被评为教育部优秀科技期刊（教育部）、中国北方地区十佳期刊（八省区出版局）、中国高校特色科技期刊（教育部）、精品学报（内蒙古自治区高校学报研究会），荣获内蒙古首届出版奖（内蒙古自治区出版局）、首届中国高校少数民族文种优秀科技期刊奖（中国高校科技期刊研究会，一级研究会）、第二届中国高校少数民族文种优秀科技期刊奖（中国高校科技期刊研究会，一级研究会）、中国高校优秀科技期刊奖（中国高校科技期刊研究会，一级研究会）等奖项。

《内蒙古民族大学学报》（自然科学版）荣获“全国优秀农业期刊”“首届《ＣＡＪ-ＣＤ规范》执行优秀期刊”“全国民族地区高校优秀学报”“中国北方优秀期刊”“内蒙古高校精品学报”“首届内蒙古高校学报出版质量优秀奖”“2016年中国高校编辑出版质量优秀科技期刊”“中国高校民族类特色科技期刊”“内蒙古高校优秀期刊”“中国高校农业期刊先进集体”“全国高等农业院校学报优秀团队奖”“2020年度中国农业期刊优秀团队”等称号。“蓖麻研究栏目”获“优秀栏目奖”，“蒙医蒙药研究栏目”获“特色栏目奖”。

《内蒙古民族大学学报》（蒙医药学蒙文版）被评为内蒙古高校精品学报、全国民族地区高校（自然科学版）名刊、中国高校民族类民族文优秀科技期刊，荣获中国高校特色科技期刊奖。

《民族高等教育研究》荣获“全国高校优秀社科期刊”和“内蒙古高校精品学报”奖、《双语教育》栏目被评为全国高校社科期刊特色栏目。